民国30年（1941年）9月，新四军军法处在苏嘴李家舍建立了淮安县抗日民主政府保卫科，全科5人，分工为内勤、外勤、审讯、锄奸。民国31年5月，增设看守所和执法队，同年秋在钦工、顺河、马厂、季桥、泾口、石塘、张桥7个区设立公安特派员，乡设立治安委员会。
  民国33年4月，根据《盐阜公安局组织条例》，保安科改为公安局，为二等局，下设内勤、侦察、审讯、治安4个课和看守所（配看守武装1个排）、执法队（编制20－25人）。
  民国34年9月，抗战胜利，淮安解放，淮安县公安局随县政府进县城办公，驻县政府大院，县公安局增设警卫连。12月，根据苏皖边区政府12月4日训令，淮城市（民国35年2月由淮安县划出，为苏皖第五行政区直辖市，同年9月并入淮安县）成立公安局，驻多子巷，隶属苏皖边区公安总局，下设秘书、侦察、治安、审讯、户政5个科和河下、城中、城南、城西4个分局以及东、北门派出所。
  民国37年12月，淮阴、淮安两城相继解放，根据华中局指示，由淮城市和清江市组建成两淮市，直属华中行政办事处。不久，两淮市军事管制委员会、两淮市政府成立，两淮市公安局亦随之成立。淮城市和清江市分别设立公安局，隶属于两淮市公安局。淮城市公安局驻察院街（今楚州宾馆处），下设内勤、侦察、治安、户籍、审讯5个课，城南、城中、河下3个分局，下关、板闸两个派出所和水陆检查站。民国38年（1949年）3月，两淮市撤销，淮安县公安局进城办公，驻老县政府（今府衙）大院。