清朝入主后,钞关监督的任命、稽考两个方面管理力度不断加大,官员任用均以选拔、奉旨以及“放地方”等方式。自清顺治起,钞关均由户部汉官管理,后改满汉兼管。康熙年间,弊病颇多,遂废兼管,并开始钦定监督一名到任管理。淮安钞关,地要位重,中央直接派遣的官员监督管辖,也与其他钞关一样,接受朝廷直接管理与地方政府代管。对税务监督的考核以半年或一个季度为期限,税务监督依据征税实情如实题写奏折,户部以及朝廷会根据奏报以及实情考察,进行罚俸以及降级的惩罚。但是贪污腐朽之事仍难以杜绝,晚清文学家、淮安人黄钧宰曾其著《金壶七墨》中记载了自己亲见亲闻之事,颇为典型:“淮关额税二十万,而岁征于商者,莫知其数,自监督左右,下至环关而居者,靡衣鲜食,咸取给焉。钧宰归自清江,早关未放,时方严寒,舟子商人,股栗以待。久之,众拥一少年盛服至,次第报验讫,则官舫华仆,持柬讨关,少年皆领之。最后至一破舟,载货浮于所报,少年怒,嗾从者诘之,鞭笞交下,豕牵其人而去。或问:‘少年官乎?’舟子日:‘嘻嘻远哉!老于车者识轮轴,老于舟者知舵木,是人姓名日老谷关食司间妻弟之仆也’。”
清代历任淮安钞关税务监督名单依次如下:
据《山阳县志》载;“淮关自道光十一年(1831)后统宿海两关共应征三十六万四千三百六十三两”,而咸丰、同治至光绪年间,税额仅二三万两,其后即连同盐钞额一万两都不过六万两上下”。于是光绪三十年(1904)五月,经户部奏奉谕饬裁撤淮安关,监督移交两江总督办理,是年总督魏光焘咨清政务处拟归道员接管,旋经议复归淮安府就近兼理,知府汪树堂于九月任事乃咨查积弊,订章程首裁书吏存六十人,择百差役八十七人,遣散家丁,革除钞户,另选僚友……”。
民国二十年(1931),国民党政府财政部长宋子文实行货物就厂征收统税,取消内地关卡,淮安关当年被裁撤。