| 淮安钞关税收额全国领先。所以，钞关监督一职尤为重要，官员的选拔与任用也备受朝廷重视。在明清职官表中，户部郎中掌各仓，盐课，钞关，杂税等。但自明朝起，钞关主事归属、任期、管辖管理想当混乱，均无定制。
明朝永乐七年（1409），朝廷差御史于各处收课衙门监办课程。宣德四年（1429），差御史及户部官，照钞法例，监收船料钞。淮安钞关正式设立。直至弘治六年（1493），令商税止差主事监收，不必御史巡察。当年，又令河西务、苏州、九江、临清钱粮多处，户部各差官一员；淮安、扬州、杭州钱粮少处，南京户部各差官一员。此后不许再委隔别衙门官员侵管，重复扰民。淮关自此始有定员。
在淮安关署的官职设置中，除关监督一名之外，还配备的其他文武职工作人员，如笔帖式、税课大使、板闸巡检、护库武弁等职。
明代历任淮安钞关税务监督名单依次如下：
 淮安钞关起初或令收粮官兼管，或差主事专管，或委该府佐贰官轮收，其制多有变化。弘治六年（1493），令淮安、扬州等处，“南京户部各差官一员，俱一年一更”。隆庆二年（1568），令淮安等各钞关主事，“各铸给关防，撰给敕书”，并令“收税同知、通判等官，务要亲身到关验放船货，眼同抽分，登记簿籍，封收银两，不得专委首领等官”。可知明代后期，淮安钞关是由户部所派主事和淮安府所委佐贰官共同管理。淮安钞关初设时，所征船钞商税总计本色钞300万余贯、钱600万余文，折色船料正余银22700余两。当时的征钞标准，是每船100料收钞100贯。后来收钞标准不断调低，宣德八年（1433）降为60贯，正统四年（1439）降为40贯，十二年降为20贯，景泰元年（1450）又降为15贯。船料起初只征宝钞，后宝钞不断贬值，到成化元年（1465）遂令钱钞中半收。随着白银广泛行用，成为主要货币，弘治六年（1493）又令船钞折银，每钞1贯折银3厘，每钱7文折银1分。此后还曾偶尔令征收本色钱钞，但大多数时候都令折征银两。淮安等钞关的征钞标准屡降，而总钞额并未随之相应降低，说明运河货运日益兴盛，经过各钞关的货船越来越多。
万历年间，神宗以宦官为矿监税使，四出搜刮银两，淮安亦受其害。万历二十八年（1600），凤阳巡抚李三才指出，淮安之马如壮、扬州之蒋柔等“无赖亡命，翼如虎狼”，凭借税监之势焰害民。二十九年，两淮税监鲁保向内库奏交税银16939两、引价银56000两、补解银750两，输献吴时修等银90000两，恐怕皆为额外搜刮所得。三十年，户部尚书赵世卿谈到，“在淮安关，则称南河一带货物，多为仪真、徐州税监差人挨促，商畏缩不来矣”[134]。好在淮安有漕、盐之利，元气易于恢复。据万历八年《太仓考》所载，淮安、扬州钞关上交的商税正余银，分别为11414.63两和9678.97两。又据崇祯二年（1629）户部开报：两淮钞关原额23000两，天启元年（1621）加增7600余两，天启五年加增15000，共45600两。钞关征银数的增加，一方面说明朝廷为应付财政危机，不得不尽量扩充财源，另一方面也说明运河货运繁盛，淮安等关存在着增加税额的潜力。
除钞关外，景泰年间还在淮安设立了抽分厂，地点在府治西南1里的南锁坝，“凡竹木等物，应干造船者，三十税一，以为供造漕船之需，视芜、杭十税其一者，减三之二，以宽商力”。天顺年间，于淮安府税课司添设副使一员、吏二员，专理抽分事务。天顺八年（1464），因“所抽木料不堪，兼商人走水匿税，课司不能制，奸弊日甚，本分司始五日一次监抽矣”，并规定“凡商货自南而北者，俱于南锁厂泊，自北而南者，俱于清河口泊，赴厂报抽，方许放行”。抽分的对象，“国初止抽船料以供成造漕船之用，后因额课不敷，遂税及于船，除官座站船给有批文照免外，凡民座民船，俱报梁头或报价银纳抽，其中桅篷锚橹等项，逐一另报，数目繁琐，上难稽查，下滋奸弊”，后来改为“民船不拘大小楠杂各色，止报梁头，估定价银，俱三十税一，其余什物总括在内，商民颇便”。
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