明洪武十三年(1380)废中书省，形成大学士为首的内阁和六部，作为中央的重要政务机关事权有所加强。这一官制在清代被全盘继承。水行政部门继续属工部中的水部。清代由于工部对工程经费的审计制，而强化了中央对堤防、漕运、海塘等工程建设的控制。明代永乐九年(1411)直接由皇帝委派的总理河道，开始了河道和漕运总督负责制。隋唐以来的重要事务部门都水监也被总督领导下的分司和道所取代。明清朝廷的卿监事权被削弱，以都察院和太监充任的使职则强化了水利建设和管理的稽查制。
  (一)工部

  明清中央机构以六部直接归皇帝统辖，六部设尚书、侍郎等。水利与土木工程建设归工部所管。

  明工部分四个属部：总部、虞部、水部、屯田部；洪武二十九年改称为营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。工部设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事等。尚书各司官皆为实际任职之人。明清除黄河、运河的防洪外，其他的水利事务均归地方，工部的主要责任是督导：“凡诸水要会，遣京朝官专理以督有司。”①除工部之外，六部中户部、兵部也被派出专责主持重大工程或特殊使命。如弘治二年(1489)黄河开封金龙口堵口，“命白昂为户部侍郎，修治河，赐以特敕，令会山东、河南、北直隶三巡抚，自上源决口至运河，相机修筑”②。弘治六年(1493)，以兵部尚书刘大夏为副都御史，治张秋决河③。

  工部的建制和职能为清代所继承。清工部设都水清吏司，握有工程款稽核、估销的大权，凡河道、海塘、江防、沟渠、水利、桥梁、道路、渡船等工程经费，以及河防官兵俸饷、皇差均在稽核估销之列。

  (二)河漕总督的创立与管理体系的完善

  明初由都察院派遣御史巡视河防和督理漕运。景泰和成化时分别设漕河总督专理。但是，明代总督(理)河漕经常兼巡抚或军务。清代则成为专职，清河道总督从一品，巡抚从二品，并领有御史衔，权力大于一省的巡抚和布政司，有利于防洪防汛期间统一调度军队和地方劳动力及物料。

  1．明代河漕总督制与分司制的创立

  明洪武十三年(1380)置都察院，衙门的地位与六部平行。明永乐时开始经常遣工部、户部、兵部侍郎以及都御史督运、治河。

  明前期中央不设河漕专官，遇有重大工程及突发事件由皇帝派出主管官员。如永乐三年(1405)，工部尚书宋礼、侍郎金纯主持重修会通河，次年宋礼派往开封主持开封堵口工程④。

  ①《明史•职官一》，中华书局本，第1761页。
  ②《明史•河渠志一》，二十五史河渠志注释本，第329，33l页。
  ③《明史•职官一》，中华书局本，第1773页。
  ④《明史•河渠志一》，二十五史河渠志注释本，第321页。

  景泰四年(1453)黄河在沙湾决口，北冲运河，命徐有贞为佥都御史专治沙湾①。

  景泰二年(1451)命都御史王竑为总督漕运兼淮扬等四府三州巡抚，驻淮扬。其时，总督漕运还不是专职。成化七年(1471)命王恕为工部侍郎，总理河道(简称总河)。“时黄河不为患，恕专力漕河而已”②。即总理河道一职负责黄河和运河河道及工程，漕粮运输由御史系统的漕运总官兵负责。由此，起源于北宋排岸司和纲运司的专业性质的独立河漕分司管理体系逐渐完善。

  明代总河总漕兼有副都御史和佥副附御史衔，如盛应期为总督河道右都御史。后也多兼工部、兵部或户部侍郎衔。如王恕以工部侍郎，万恭以兵部侍郎衔任总河。

  明代运河在长江以北归中央管理，以南属地方管理。国家管理的地段实行分司驻地制。长江以北分为三段：通州至德州、德州至沛县、沛县至仪真瓜州，各设都水分司，长官为都水郎中。成化十三年(1477)改为两段，以山东济宁为界。万历时又分成四段：南河(淮扬运河段)，分司驻高邮；中河(黄河及洳运河段)，驻吕梁；北河(会通河段)，驻张秋；通惠河，驻通州，各分司长官为主事。

  明代，水利工程中还有海塘和长江的防汛实行流域性质的分司驻守，但官员由州县派出，归省督统一调度，州县政府则按辖区范围承担劳工、物料组织。

  2．清代河漕总督与道汛管理

   清代以总督掌理包括数省在内的大区军政，以巡抚掌一省军政，巡抚受总督节制。河道、漕运总督也都兼有军衔，赋予其节制监察省级行政长官的权力。

  清顺治元年(1644)遣御史巡漕，其后置漕运总督，先驻通州，后改驻淮安。漕运总督一人，其属官也位同总督。康熙元年(1662)河道总督不再提督军务。康熙雍正时设置巡漕御史，分驻淮安、济宁、天津和通州，行督察及催运漕船之责。

  河道总督按流域来设置，主管防洪治河。各河总督副总督几设几拆。雍正八年(1730)始分设南河、东河和北河三总督：①江南河道总督，驻清江浦。管理江苏安徽境内的黄河、淮河和运河；②山东河道总督主管河南、山东境内黄河和运河，驻济宁；③直隶河道水利总督驻天津，管理京畿水利及防洪③。

  清代河道总督与漕运总督的责任严格分开，漕运总督只管漕粮运输，河道总督管河道和运河工程。道按河段设置，如通永道(直隶的通惠河、永定河，康熙三十七年(1698)永定河堤防建成后，设南岸分司和北岸分司，雍正时始按统一建制设道)、运河道(运河山东段)、淮徐道(黄河淮安至徐州段)、淮扬道(淮扬运河段)。总河下设若干道、厅，汛及铺，与明代运河和黄河相同。如通永道分管运河通州段和永定河，下设4厅：石景山厅、南岸厅、北岸厅、三角淀厅。道设行政长官同知、通判，属官丞、主簿等；厅设守备、千总、把总等。
长江堤防和防汛一直由沿江地方政府经管。瓜州仪真段因为漕运关系，明清都是河漕总督管辖的范围。清前期曾经设有荆江河工厅，“专司防洪，不得委派州县代办”④。康熙五十四年(1715)废荆江河工厅，将江堤全部交由地方管理。“康熙五十四年谕：江堤与黄河堤塍不同，黄河水流无定，时常改移，故特设河官看守。江水并不致移，故交与地方官看守。”①但荆江大堤的抢修经费仍由国库拨出。

  ①《明史•河渠志一》，二十五史河渠志注释本，第325页。
  ②《明史•河渠志一》，二十五史河渠志注释本，第329页。
  ③《清史稿•职官三》，中华书局本，第3341～3342页。
  ④《清会典事例》卷919，中华书局本，第572～573页。

  江汉平原沿江由州县官吏出任堤防专官，各自管理境内江堤和防汛。康熙十三年(1674)将长江沿线分为两个江防段：①汉阳段，以知府领江防事；②武昌、黄州、襄阳、荆州、安陆、德安段，各以六府同知领江防事。知府、同知以下有11县典史辅佐。康熙三十九年(1700)，“责令地方官于每年九月兴工，次年二月告竣。如修筑不坚，以致冲决，将督抚照总河例、道府照府督催官例，同知以下照承修官例议处”②。地方官承担长江堤防岁修成为定例，工程失事的处罚类似黄河。

  清康熙五十五年(1716)和雍正六年(1728)先后两次动用中央财政资助洞庭湖和江汉平原修筑圩垸，这些圩垸称官垸，后来由地方官吏管理。

  ①，②  《清会典事例》卷931，中华书局本，第688页。
  ③清•鄂尔泰：《授时通考》，中华书局，1956年，第319页。