漕运的有效实施，关系到江山社稷，所以在清廷开始施政之初，同样在淮安设立负责漕运的官署。而和明朝早期还有一位漕运总兵驻扎在淮安与总督同理漕事不同，自万历年间裁撤漕运总兵之后，清朝也再也没有设立过类似的官职。

清朝的漕运官制基本是延续明制，并以总督为核心，全面负责各个省的粮食储备、漕粮转运之事，确保万无一失的将漕粮送抵京城。与前明有所不同的是，明朝总督的品秩并没有被确立和规范化，而清朝明确了总督的官阶品级。

在清朝，总督的官职应为从一品，掌厘治、军民、综制、文武，察举、官吏、修饬、封疆，标下有副将、参将等官。乾隆十八年（1753）起，又以漕运总督、河道总督无地方责，授衔视巡抚，漕运总督的官衔被定格在了从二品之上。

实际上在通常的人事任免中，“九品十八阶”定格的总督均为正二品官职，加之康熙三十一年（1692）定总督加衔制后，漕运总督也与地方总督一样，可以通过兼兵部尚书等衔，高配至从一品。漕运总督在清朝，依然是直接对皇帝负责，并可专折进行奏事。

总督虽始于前明，但是到了清朝中后期，总督在地方上对军权的掌控远远大于之前。而作为有功的大员，军机处会在每年只以一、二品大臣，且年满六十岁以上者，开单请旨，赐“紫禁城骑马”，通常都会得到皇帝的恩准，而漕运总督中就有不少人得到这样一个莫大的荣誉。

从顺治二年（1645）起，新设的淮扬总督兼任漕运总督，而此后贯穿整个清朝时期。“淮扬总督”和“漕运总督”的官名开始混用，并频繁的出现在各个时期的奏章、书籍、文档之中。或许是因为其执掌淮扬地区重要的军政大权以及漕政，以至于被相互串用。也就在当年，凤阳巡抚由原宿迁兵备道赵福星以都察院右佥都御史任，并兼理军务。

  清末朝廷政务处在与吏部商议准备裁撤漕运总督之时，就曾提到：“漕督之设，原不专为治漕。”淮扬总督是清初设置的一个总督官衔，只不过清初总督地方的职责排在了漕务前面罢了，“总督淮扬等处地方，提督漕运，海防军务，兼理粮饷”的全称却几乎没变化过。当然在顺治六年（1649）到十七年（1660）间，兼任凤阳巡抚时有所变化而已，即为“总督漕运、巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州并徐、滁、和府州地方，理海防军务，兼理粮饷”。

顺治十七年（1660）二月，漕运总督蔡士英奏言：“国初，设总督一员驻淮安，凤阳巡抚一员驻泰州；自顺治六年（1667）巡抚标兵调入粤西，遂撤凤抚，归并漕督，漕务海防，势难兼理，请仍照初制专官分任。”此后，在廷议通过之后，凤阳巡抚遂不再由漕运总督兼任，改为单独设立。

而到了康熙四年（1665）五月，朝廷对已经独立的凤阳巡抚彻底裁撤。而就在当年的十月，原凤阳巡抚所辖的凤阳、庐州二府与滁、和二州，改由安徽巡抚管辖。淮安和扬州二府以及徐州改由江宁巡抚管辖。这也确定清初所设立的江南省到此时开始分治的局面。即使漕运总督在清朝更多的时候不再兼任凤阳巡抚，但是他所拥有的提督军务和对淮扬地区的一些总督管辖权，并没有怎么削弱。

从马背上赢得天下的满清王朝，一边在任用汉族官员恢复朝政，一边又顾虑到某些大政交于汉族官员管理的可靠性。如此的信任危机，导致在顺治四年（1647），朝廷派出了一员满族侍郎，连同漕运总督一起负责漕运政务，名为总理。这有点像元朝入主中原之时，在各级官员之上还设立一名“达鲁花赤”，用来监督汉人官员的工作一样。

对于一个少数民族政权来说，这是在占领以多数人口为主的汉民族地区之后，对地方掌握汉族官员的一种监视。而对于当时的全国各级政府来说，这种做法确实具有强烈的民族不平等色彩。

顺治十七年（1660），漕运总督不再兼任凤阳巡抚，专管漕运。而设立十余年的满族漕运总理也被随即撤回，理刑刑部（漕运刑部分司）主事亦被裁去，惟漕储道至康熙四年（1665）始裁。

而在有漕粮征收省份设置的督粮道、监兑、押运等官职，漕船厂、粮仓等单位也依然归漕运总督节制。总督主要去执掌佥选运弁、修造漕船、派拨全单、兑运开帮、过淮盘掣、催趱重运、查验回空、核勘漂流、督催漕欠等政务，其中发现任何重要情况，需立即禀报朝廷。在当时，江苏、浙江、山东、河南、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省文武官吏经理漕务者均属漕运总督管理。

粮道是在有漕粮的省份设立的，河南则以开归盐驿道兼理。粮道掌通省粮储，统辖有司军卫，它会谨慎的去选择和委派领运随帮各官，责令各府军官会同运弁、佥选运军。而且还必须亲自督粮到淮安，不得委派副职军官代押。如有军需紧要事件，就必须详细奏明地方督抚以及漕运总督，之后才能安排其他人代行他的职务。

雍正七年（1729），朝廷专门派遣了两名官员前往淮安负责漕运的稽查工作，以防止各级漕运官员发生腐败和不作为的现象。当年，朝廷又设立了北漕巡漕御史两名，负责北方漕运工作的巡查。三年之后，南漕驻淮安的巡漕御史仅保留一名，另外一名移驻至山东济宁。巡漕御史官衔品级实际并不高，但是他所具有的监察权力极大，可专折密奏，而且也只对皇帝本人负责，并且具备弹劾漕运总督的权限。

一直到康熙二十一年（1682），朝廷规定每年在漕船经过淮安之时，漕运总督必须随船北上前往京城述职，并在沿途视察运道、漕运的相关状况，便于掌控、调度全局。而后返回淮安，即着手办理下年的漕粮征收等诸多事宜。

当然在漕运总督总揽漕运全局外，还有河道总督一并协助并参与其工作。河道总督的主要工作便是负责运河等河道的疏浚、河岸堤坝的稳固以及河患的治理。除此之外，漕运总督麾下还有总督漕运部院军门以及各营。自咸丰十年（1860)起，又被授节制江北诸镇、诸道。

虽然在顺治十七年（1660）后，漕运总督不再兼任巡抚，但其提督的军权实际并没有过分削减。