东林党领袖顾宪成赞誉李三才“言足以犯当世之忌而无其险，功足以为端人正士之伟而无其奇，风足以廉顽直懦流映千载而无其高”
  打击矿监——剑锋直指万历皇帝、宦官
  李三才（？～1623），字道甫，号修吾，祖籍陕西临潼，顺天通州（今北京通县）出生，万历二年考中进士，历任户部主事、郎中、南京礼部郎中、山东佥事、山西学政、河南通政参议、大理少卿。万历二十七年（1599）李三才以右佥都御史总督漕运，巡抚淮安、扬州、庐州、凤阳四府和徐州、和州、滁州三州，当时人称“淮抚”。漕运总督兼淮抚（又称凤阳巡抚）的李三才坐镇淮安十三年，干得轰轰烈烈、震动朝野的一件奇事、大事应该是打击矿税。
  这里的所谓矿税是“矿监”和“税使”的合称。明神宗万历二十四年（1596），乾清、坤宁两宫火灾，需要重修，神宗朱翊钧以连年征讨、库藏匮竭为由，陆续派出大批内廷宦官，以“矿监”和“税使”的名义，到全国各地进行大搜刮。矿监由皇帝特派到各地督领金银矿的开采，税使则奉皇帝特旨征收各地各行业商税。有的矿监兼税使。宦官出身的矿监税使到达各地后，以当地地痞流氓（当时称“地方土棍”）为羽翼，结成毒网，以征税为名巧取豪夺。矿税“细及米盐鸡豕，粗及柴炭蔬果之类，一买一卖，无物不税……”（叶永盛《玉城奏疏》）万历二十九年(1601)一年之中，由宦官直接送往北京的税款就有白银九十余万两、黄金一千五百七十五两，又有金钢钻、水晶、珍珠、纱罗、红青宝石等物，而装进宦官及其爪牙私囊的还不在此内。
  漕运总督兼巡抚的李三才辖区内矿监税使尤其猖狂。沈德符《万历野获编》说：“矿税流毒，宇内已无尺寸净地，而淮徐之陈增为甚。”《明史》详细记载：“榷税则徐州陈增、仪真暨禄，盐课则扬州鲁保，芦政则沿江邢隆，棋布千里间。”这些人召集地方一批无赖，伪造印券，就像追捕逃犯一样，公然进行掳掠抢夺。其中宦官陈增尤为横暴和贪婪，对富豪经常是直接抄家杀人，地方官稍有不满，马上逮入诏狱。如《明史》记载陈增等“延引奸徒，伪锲印符，所至若捕叛亡，公行攘夺。而增（陈增）尤甚，数窘辱长吏。”面对矿税暴行，嫉恶如仇、敢说敢为的漕运总督李三才拍案而起，奋不顾身与皇帝及其矿监税使进行针锋相对的斗争。
  李三才深知造成地方不安局面的根源在于皇帝的贪婪，神宗朱翊钧是矿监税使最大的后台老板，因此多次冒着罢官甚至坐牢杀头的危险，上奏痛陈万历皇帝的责任。如万历二十八年（1600）五月他在《请停税矿疏》义正词严道：“自矿税繁兴，万民失业。陛下为斯民之主，不惟不衣之，且并其衣而夺之；不惟不食之，且并其食而夺之……皇上爱珠玉，人也爱温饱；皇上忧万世，人亦恋妻孥，奈何皇上欲黄金高于北斗，而不使百姓有糠秕斗升之储？皇上欲为子孙千万年，而不使百姓有一朝一夕之安！”这份奏疏被万历皇帝搁置一个月。
  于是李三才又上疏更尖锐地指出：“一旦众畔土崩，小民皆为敌国，风驰尘骛，乱众麻起，陛下块然独处，即黄金盈箱、明珠填屋，谁为守之？”他还一针见血揭露万历皇帝借机敛财伎俩：“陛下每有征求，必曰‘内府匮乏’。夫使内府果乏，是社稷之福也，所谓貌病而天下肥也。而其实不然。陛下所谓匮乏者，黄金未遍地，珠玉未际天耳。”奏疏慷慨激昂、言辞激烈，如同声讨敌人之檄文，在明代只有赫赫有名海瑞才敢如此冒死直谏。
  面对李三才言辞激愤的奏疏，万历皇帝常常采取拖延之术——“留中不发”，不听也不追究。
  治理漕运——开创漕运总督总揽漕运新体制
  李三才在淮安十三年，是明代出任总督漕运兼巡抚淮阳时间最长的漕运总督，因此他在治理漕运上也留下一些奇特方法并取得突出的政绩。其中影响最大的事件是打破漕运总兵官和漕运总督共理漕运体制，开创了漕运总督总揽漕运的新体制。
  宣德二年(1427)，朝延命漕运总兵官开府淮安，并加“镇守淮安”的职衔，负责南直隶等六省漕粮征收、运输、交仓等事宜。漕运总兵官下设十二总（如果加上负责海运的遮阳共为十三总），共辖转运漕粮的运军127000余人。
  到了万历中后期，漕运总督李三才与总兵王承勋共理漕务时，在李三才刚毅性格和文治武功的威名之下，伯爵（世袭新建伯）出身的漕运总兵官王承勋，因为才能一般，加上有“微过”，犯过小错误，不仅不敢居李三才之上，反而十分敬惮李三才，主动 “移坐其下”。《乾隆淮安府志》：“李三才总漕事，性雄毅，有文武材，新建伯王承勋（漕运总兵官）敬惮之，不敢与抗。”不久，漕运总督李三才趁热打铁，上奏万历皇帝裁撤漕运总兵官。即《明史》“海运久停，镇漕总兵宜裁撤。从之。”朝廷批准李三才上奏，裁撤明初以来一直负责漕运的漕运总兵官，专任漕运总督，让漕运总督总揽全国漕运事宜。
  李三才废除了文武二院共理漕运体制（总兵在总督之上）,开创了漕运总督总揽漕运事宜的新体制，避免了漕运总兵官与漕运总督权力之争。从此起明末和整个清代300余年间的漕运，全部实行的是漕运总督总揽漕运事宜的体制。这应该是漕运总督李三才在治理漕运上的最大贡献。
  在明代130多名漕运总督（总兵）中，1599年来淮安出任漕运总督的李三才，其治漕政绩可能称不上第一，但是他的治漕治国的雄才大略、犯颜直谏的大智大勇以及除暴安良的果敢睿智，却是其他漕运总督（总兵）望尘莫及的，就是在有明一代所有大臣中，李三才也算得上一位赫赫有名的奇臣。