封建王朝都是十分地重视漕运，隋唐之后，尤为凸显。各朝各代都在漕运节点的淮安，设立相应的漕运管理专署机构，负责漕运事务。秦灭亡后，汉便设置了水衡都尉和都水丞；晋、隋之间，虽然没有固定的漕运官职，但仍然是由朝廷的大员在兼任。唐朝在工部尚书下面，就有一个水部郎中，以及一名员外郎来负责漕运之事。

到宋朝建国之后，便开始设置各种转运使。熙宁初年间，朝廷还专设了几路漕臣，来负责漕运工作。元朝，虽然是蒙古民族一统华夏的时代，但是漕运仍然是王朝的重中之重。从元世祖中统二年（1261）设立军储所，并改设漕运所；再到至元年间改漕运司，后再改都漕运司，直到至元十九年（1282）正式改为京畿都运使，二十四年（1287）还内外分设了两运司，可见历朝对于漕运的重视程度。

漕运总督是明朝设立的一个重要官职，在景泰二年（1451）时，都察院右佥都御史王竑被任命为授任漕运总督，从此文官开始理漕，一改从永乐年间起漕运总兵全权负责漕运事务的局面，这也表现出漕运大政在明王朝的统治过程中，越来越重要，也更加受到朝廷的重视。

两位具有同等政治地位、同级别、做同种工作的官员同时存在，且同驻一城，这个在历史上是不多见的。但是他们一个是文官，一个是武职，实际上还是有其不同的分工之处的。

两种负责漕运的官职并存，显然说明了这项工作的重要性。而在相关于漕运的重要问题上，皇帝会向同时向他们二人下达旨意。

当然在最初设立总督的时期，因为历史原因，在上奏皇上的一些文书中，漕运总兵的署名是在漕运总督前面的。但是紧随时间的推移，这种署名方式也不再固定，漕运总督的名讳也会落款在漕运总兵名字的前面，这有可能和当时在职的漕运总督和漕运总兵官的年纪、资历、官衔有关。

在每年的年初时，漕运总督会去巡视扬州，顺即处理瓜洲和淮安漕船过闸通行的事宜，漕运总兵则到徐州督管漕船安全渡过百步洪、徐州洪等，督管“过洪入闸”也是漕运总兵的重要工作任务之一，然后与漕运参将“管押赴京”。

其他部门的工作人员也都各司其责，为漕运通行进行着后勤保障工作。漕船只要经淮安北上，至徐州过吕梁洪等处，从巡抚到河道，以及漕司必须逐一向上奏报。

漕运总督是简称，其官职全称在不同的时期，因为官衔的累加和职权的扩大或减少而有所不同，但是作为一名封疆大吏，总督之责兼巡抚职能，成为他的主要工作，例如：

景泰二年（1451）时，王竑授任首任漕运总督时，总督全称为“总督漕运，巡抚淮安、扬州、庐州三府并徐、和二州”。

景泰三年（1452）凤阳归属，总督的全称又为“总督漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州、并徐、滁、和府州地方”。

成化元年（1465），应天巡抚所属的安庆府来属，此时的全称为“总督漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州、安庆并徐、滁、和府州地方”。成化四年（1468），安庆府回属，职衔又恢复。

嘉靖三十二年（1553），总督兼理海防，总督职衔全称即为“总督漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。

嘉靖四十年（1561）时，漕运总督开始提督江北四府三州军务，职衔的全称也立即增为“总督漕运，提督军务，巡抚凤阳、淮安、扬州、庐州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。

当然，巡抚职责也会被裁撤，而且是多次。要么直接由漕运总督向皇帝申请，希望减少漕运公务外的繁忙兼理，要么朝廷根据自己的安排进行分设或者裁革。

如在天顺元年（1457）漕抚分设，天顺七年（1463）又复旧制；成化八年（1472）漕抚分设，成化九年（1473）又复旧制。正德二年（1507），朝廷直接裁革了凤阳巡抚一职，正德五年（1510）又恢复了凤阳巡抚，职责仍归漕运总督。正德十三年（1518）漕抚又分设，正德十六年（1521）又复旧制；嘉靖三十六年（1557）再漕抚分设，嘉靖四十年（1561）仍复旧制；万历二十六年（1598）漕抚分设后，在万历三十年（1602）复旧制后，便不再有改动。从万历五年（1577）起，因为河道总督的裁撤，漕运总督还总理河道，这让漕运总督在万历七年（1579）之时，正式的加上了兼管河道的官衔。当然，在万历十五年（1587）河道总督复设，漕运总督便不再兼管河道了。

不过这些职衔仅仅是总督的相关职衔，其他诸如都察院御史、侍郎、尚书的官衔，就只能因为各人任职的不同而不同了。

明朝漕运总督的任免工作，朝廷都会再三进行考虑，并对人选进行定夺。如果总督的职务开始空缺，朝廷会首先从吏部的候选官员中进行选择。一般情况下，吏部进行漕运总督人事安排的时候，都要向皇上推举两份候选人的名单，并且陈述推荐任职的理由，来让皇帝进行合理的选择。

如果是皇上一口否决了候选的官员名单，吏部会重新给皇上呈上新的被推举人名单。但也有的时候，皇上否决名单后，吏部只重新呈上了一份被推举人名单，其中仍然附带一份已经让皇上抉择过的人选名单。

或许吏部会将这名再次被推荐官员的任职理由陈述，写的比较具体，而且官员本身的能力确实比较适合上任漕运总督一职，所以皇上也不免会重新的去认同吏部的推荐。

漕运总督官职，在明朝是没有品级，通常都会被认为是低于尚书的级别。总督的品秩，则是看这位总督本身官衔的大小，比如通常以都察院左都御史任职的，就是二品官。

不过在实际操作中，漕运总督在和各部的尚书日常工作交往中，公文用“咨”，而不是“呈”，可见他们是处于相同地位的，而且在开展相关主要工作的时候，漕运总督都是直接向皇帝负责的，一些重要的工作汇报和请示，都会当面进行。而皇帝也会直接给予总督一些批复，所以总督和尚书之间，通常很少有工作联系。