漕运在清初与盐、河、兵并列为四大政，而从清中期以后，漕运政务日趋腐败，基层官员贪索越来越严重，尤其是在漕粮的征收中，明目张胆的私加名目，就是为了满足这些基层官员的贪索所需。“兑漕之苦，不在正赋之难完，而在杂费之名多”说的便是这样一个事实存在的现象。“首漕粮，次白粮，次督运，次漕船，次钱粮，次考成，次赏恤，而以海运终焉”。这个便是整个清朝漕政的真实写照。

晚清时期，不但征漕困难，而且黄淮间的河道淤塞，通行能力严重受到阻碍，关键还无人问津。咸丰五年（1855）黄河改道，运河山东段又开始淤废。到道光年间，黄河淤塞更为严重，河水平时的水位就高于洪泽湖水位，还往湖中进行倒灌，这不得不让朝廷靠修高家堰来防止洪泽湖中的水决堤冲向陆地。

在当时，外派在江苏的漕运总督，工作范围也正是太平军活动的范围，尤其是在江浙、皖、湖广等地区。再加上从北方南掠的捻军，漕运总督的大部分时间和精力，此时已经花费在镇压农民军的叛乱上。这也有可能是朝廷在漕政荒废不前之后，迟迟不肯裁撤总督的原因，因为毕竟漕运总督麾下也是一支抗击农民军的力量。

咸丰三年（1853），太平天国军队分别攻占了长江南北的镇江府和扬州府，这让南北漕运的连接点，无法进行正常的行船运输，而江浙两省也于此被迫首先进行海运。而内河漕运的暂停，以及对抗农民军任务的加重，也不得不让漕运总督减少本身的工作，将大多数时间用于打仗，这也奠定了漕运总督最终被裁撤的基础，因为如果仗不打了，漕运总督便无事可做，而在当时发生的一件事情，多少能看出漕运总督最终被裁撤的命运。

咸丰十年（1860）二月，捻军中的著名将领李大喜、张宗禹率领其部两万余人，从徐州南下，一路占领桃源等地，直奔王家营而来。王家营一旦失守，将直接威胁到那座没有城墙保护的清河县城的安危，而恰恰江南河道总督就驻节如此。

那日，南河总督庚长正将漕运总督瓜尔佳·联英、淮安关税务监督祥恒等人邀请到他的驻地，一同在清江浦的禹王台宴请看戏，突然而来的捻军即将大举袭来的禀报，让联英、祥恒顿时感到大事不妙。为了以防不测，联英等人便以自己身体不适为由，告辞南河总督庚长，先行返回淮安府城。

庚长见这二位大人着急慌忙的走了，而自己又身处在这没有城池防范的清江浦，心中不免感到了胆战心惊。随即，庚长便简单收拾一下，只身连跑带赶着的奔向淮安城。而等到他好不容易跑到淮安城下便时，已经要到傍晚。当时他站在淮安西门“庆城门”的楼外，大喊开门，但是守门部队官兵，对他并不认识，只害怕是捻军的奸细，便不给他开门，这让南河总督庚长很是着急。

先到城内的漕运总督联英，此时已经收拾好自己的行李准备逃跑，拖拖拉拉的车辆，从官署门前一直排到南门口。守城的山阳知县顾思尧却下令让城内的地主士绅们守好城门，坚决不给总督大人放行，因为他走了便没人有心再去守城。如此一来，漕运总督瓜尔佳·联英便只得返回官署，组织官兵进行抗战。

还在西门外等待进城的南河总督庚长，也在此时找到了一个认识他的人，最终被放进城来，而在北门喊门的淮安关税务监督祥恒，就没有他这么幸运，虽然自己报上了自己的官职，但是守门的将士就是不相信他是谁，最终让他愤愤离去。

最终，捻军占领清江浦，在对清江浦进行一片屠杀和焚烧之后，便开始南下，沿途顺着板闸、河下等镇大肆烧杀，而江南河道总督署、淮安关署以及河下的大片盐商豪宅、园林均被大火焚烧，繁华的城镇就此变成瓦砾。好淮安府城有高大的城墙作为防守，加上守城官兵的殊死抵抗，捻军虽已到达城下的河下镇，都未能攻进城内。就是这绵延的三联城墙，保住了城内的大片官署、私宅。

事后，江南河道总督庚长便因逃跑被治罪，只因他对清江浦不作防堵，而被革职。

当然，这次是逃跑，是因为有高大的城墙保护了他们。其实漕运总督和捻军英勇作战的事迹也是比比皆是，而且也有过多次的胜利。

咸丰十一年（1861）十月，漕运总督即其所部在淮安城西北与太平军相遇，“行至河下地方与贼接仗”，“割取首级三十七颗”，直到次日仍然继续作战，“连开大炮，轰毙马贼十数名，步贼数十名”。

同治五年（1866），西捻军统帅张宗禹想假冒清军部队，偷渡运河，被漕运总督所属部队发现，“幸漕帅亲驻率众，早将该处安兵设炮台，补以练丁，又于成子河防厚集兵力，以资扼御，是以该逆屡扑屡却，颇有斩获”。

实际上到此时，漕运总督这个官职本身的职能，已经在逐步的消失。

光绪二十七年（1901），江苏、浙江、山东三省正式停止征漕，至此八省漕运全部停止。此时，张之洞、刘坤在《江楚会奏变法三折》中，还主张裁撤因漕运而设的屯田与卫所。次年，朝廷正式下旨撤屯田、运军名目，裁卫守备、千总等官。

光绪三十年（1904），江西道监察御史周树模上奏：“各省卫官已撤，屯户并改丁粮，归州县经征，南漕半改折色，半由海运，各省粮道亦次第裁减，漕督无官可辖，而体制极崇，殊非综核名实之道”，请求裁撤漕运总督，而朝廷也随即要求政务处开会进行决议。

当年十二月二十二日，政务处将最终讨论的结果上奏朝廷，同意裁撤漕运总督，并将其缺改为设江淮巡抚，与江苏巡抚分治，同归两江总督管辖。

光绪三十一年（1905）三月十七日，署两江总督兼南洋大臣周馥上疏：“亦以分设行省，不如改设提督驻扎为合宜”，建议改淮扬镇总兵为江淮提督，裁撤江淮巡抚。”当日，朝廷便发出了上谕：“江淮巡抚即行裁撤，所有淮扬镇总兵著改为江北提督”。

至此，走过了明、清两个王朝，掌管了450余年朝廷命脉的漕运总督随着时代的发展悄然消失。

光绪三十一年（1905），已经被裁改的江北提督（兼漕河盐务）刘永庆在已废止的总督署上建起了学校，即江北陆军学堂，这也为清廷培养了一批重要的军事人才。