自明代设立府州之治始，淮安府亦仿中央六部之制，其职能和明清中央六部分管国事的政治体制相一致。设吏、户、礼、兵、刑、工六科（房）。六科作为知府的直属办事机构，直接附设于大堂前的东西两侧，即府署大堂前东侧的吏、户、礼科和西侧的兵、刑、工科。其布局体现了府署的管理体制、平日衙门的日常公务均由六科典吏经办。
  六科办事人员称作书吏、书办，统称典吏。而各科之头目，或称经承，或以各科之名冠之，称吏书、户书、礼书、兵书、刑书、工书。其下工作人员称主事、胥吏、书吏、书办等。各科书吏一般为十余名，不超过20人，他们不是官员，没有品级，大都是举业无望之人，只好掏钱纳粟买来书吏差事，或通过招募考试而被选用。
  各科的职能是：
  吏科：主管全府组织人事方面事务。负责本府及各县现任官员包括里甲、地保、里正、乡官的考核选拔，任免调动，缺额丁忧，奖罚等。办理本地绅士选官的具体手续。办理本府监生、举人、副榜、进士、致仕官员以及本籍官员的出身、任期、封赠荫官等各类档案登记管理工作。
  户科：主管全府的户籍、田赋、财政、税务方面事务。清丈田亩，稽查屯田，上报新垦田地，核定和编制保存本府田地与应缴纳税的黄册，征收各县额定的粮食、银两、马匹、渔业、芦苇、交易契税等杂税，分配落实丁差徭役，缉查私茶私盐，负责处理有关田地、房宅、钱债、婚姻等等方面民事诉讼。遇有灾荒，筹办赈济，安抚百姓。户科是衙门最大的部门，往往有上百个工作人员。因为它是财税部门，所以也是衙门里最富有的机构。
  礼科：主管全府的教育和宣传方面事务。负责有关神鬼方面的祭祀活动，管理社稷坛、风云雷雨坛、城隍庙等祭祀活动场所。管理僧人、道士，操办祭祀礼乐事宜和节日庆典。岁科考试时，协助知府或学政组织童生参加府县试或院试。旌表符合封建礼制的忠义、孝子、节妇、烈妇。
  兵科：主管全府的军事方面事务，负责招募兵丁，征集马匹、兵器等军需物资，组织供应驻军粮饷。协助训练丁壮，管理地方武装。负责管理本府各驿站的驿卒铺兵、马匹、马夫、轿夫、船只、水手，以及所需的工料、马匹兽医药材、船只打造修理银两的筹办。管理各巡检司的工作，保证地方治安。组织武举考试。
  刑科：主管全府司法业务，管理刑狱。受理刑事、民事案件，捕快侦缉破案，起获脏物，仵作勘验现场，牢头狱卒看守人犯，刽子手负责行刑，书吏负责审讯和笔录，票拟文书，拟写案牍。及时层层向上行文禀报重要案件。负责案犯的羁押、起解和押送、轻微案件的具结取保候审。罚赎银谷的入库和报解。
  工科：主管全府工程营造事务。负责城池、衙署、祠庙、宝塔的建筑与维修。察院公馆办公设施、床帐铺陈、器皿什物等件的置办。官办仓库以及公共桥梁，道路的维修，水利、河道、堤防等工程建设。负责制作军用弓箭兵器、铸造枪炮器械等项事务。
  六科作为知府的直属办事机构，直接附设于大堂前的东西两侧，其布局体现了府署的管理体制。根据古时“左文右武”的习惯，东侧为吏、户、礼，西侧为兵、刑、工。
  今淮安府署吏科室内陈列有：中国古代官吏的监察制度及其实物。封建时代把定期依法监察官吏履行职守、惩治职务犯罪的制度称为“监察”。在室内有两组蜡像，这两组蜡像，就是再现了淮安府历史上正反两个典型官员的故事。一组是正面的典型，是不受馈遗的漕运总督傅希挚送布的故事。傅希挚任淮安府知府，他为官清廉，爱民如子，从不收受任何贿赂，后来因为他的政绩突出，被提拔为漕运总督，在他离任的时候，身无余财，仅有一块黑布。尽管如此，他还是将黑布分给属下留作纪念，属下敬仰他的为人，在黑布上画上他的头像供奉在家里，成为自己和子女学习的榜样。
  另一组是是反面的典型，“李毓昌查赈拒贿”。清代四大冤案之一的“李毓昌奇案”就发生在当年的淮安府。清嘉庆十三年（1808）的时候，淮安水灾，朝廷下发巨笔赈灾款。为了保证专款专用，此年冬天，特派出同知林永昇，率领十个人来淮督查，李毓昌就是其中之一。谁知这笔款子被当时的淮安府知府王毂和山阳知县王伸汉合伙贪污了。山阳知县王伸汉以金钱贿赂李，李拒绝贿赂，坚持揭发。王伸汉买通李的仆人李祥，于11月6日夜，将李毒死，并伪造自缢假象。李毓昌妻子在丈夫遗物中发现血衣和写有“山阳冒赈，以利啖毓昌,毓昌不敢受,恐上负天子”的禀贴残稿，顿时对丈夫之死生疑心。第二年李的叔父李太清赴京都察院鸣冤，朝廷立命山东巡抚查核，事情属实，便将王伸汉、李祥等一干人提赴刑部审查，后真相大白。受贿贪污的一干人等均得到了应有的惩罚。
  室内还展出十幅浮雕，介绍了十位人物。分别是：“学政廉洁奉公，夫人助夫拒贿”的阮学浩；“查赈拒贿”的李毓昌；“天下清官第一”的岳钟秀；“清官知县”阮嘉林；“青菜总兵”刘玺；“牧豕自给”的佥事宫安；“碎珠四善”的刑部尚书杨靖；“取友端，临财廉”的御先生汪廷珍；“救灾知府”卫哲治；“不受馈遗”的傅希挚。
  户科陈列卷宗有：有黄册和鱼鳞册。黄册是户口册籍，因为封面为黄色，故名黄册。鱼鳞册是土地登记簿，是作为税收的依据。室内还展出一本《刺土制盐图》和淮安地区的地方物产：谷类、果类、瓜类、药材类、花卉类、竹木类、禽类等。另外室内还复制了古代铸钱的一个工场，再现了当时铸造钱币的场景。
  礼科还展出了复制的明万历年间的状元沈坤的殿试试卷。室内还复原一间考试的号房，考生是一人一间考房，三面有墙、一面敞开，但无门，高6尺，深4尺，宽3尺，有两块活板，白天当桌，晚上当床，里面还有纸墨笔砚，还有食盆，就是吃住都在号房之内。室内还展示了乡试的墨卷，淮安府的府学图，以及淮安府考棚的模型。
  兵科展出了当时招考武举人的三件兵器，主要是考量考生的膂力。分别是三张硬弓，它们是十二力、十力、八力三种；三柄大刀，它们分为120斤、100斤和80斤三种；还有石礩子，头号重300斤，二号250斤，三号200斤。室内还展出了复制的一袭清代武将的盔甲，清代一至九品武官穿的补子（服装），补服的图案都是兽类，一品为麒麟，二品为狮，三品为豹，四品为虎，五品为熊，七品为犀牛，八品为海狗，九品为海马。室内还设置了一张古代的阵法图，复原了位于淮安城东南角用于训练士兵战马的场地——淮安校场的模型。
  中国古代的刑律十分严酷，刑科展出的五张图片是英国人拍摄的当时清代官府所施行酷刑的状况。室内还有复置的古代部分刑具：三人枷、钉板、木驴、夹棍、镣铐、立笼、火盆等。室内还复原了狱卒住所的一角，牢房的一角。在室内的南面还可播放元代戏剧家关汉卿根据发生在楚州（淮安时称楚州）的一桩冤案编写的元杂剧《窦娥冤》的电视片。
  工科室内展出的有：一幅《治淮图》，清代治整淮河工程也算浩大，但成效不显，这里展示的仅是清代整治淮河的一个局部画面，有古代防洪治淮的工具——卷埽扎子，河工用来夯实河堤的夯。室内展出的还有淮安府及其所属州县的地图，淮安当时的水利图以及山阳县周边的水利全图，淮安府境内河道航运的全图，漕运总督衙门的建设全图，淮安府署全图和山阳县署图，淮安府署的复原模型。